据《体坛周报》报道，亚洲球队在德国世界杯惨败而归后，亚足联主席哈曼充分认识到，必须提高亚洲足坛几个强队的实力。保证强队之间的比赛质量、为强队提供更高水平的舞台，便是本届预选赛赛制出现重大变化的根本原因。

八强赛改为十强赛，意味着每队比赛场次由6场增加为8场。轮次的增加，意味着占用的国际足联比赛日要增加。按照国际足联在2006年9月份拟定的2009年《国际足联比赛日历》，09年总共只有12个国家队比赛日，而亚洲区至少需要14个比赛日，国际足联原先拟定的比赛日根本不够。因此，亚足联向国际足联提议，要求在08年6月份增加两个比赛日。同时，奥运会将在08年8月举行，国际足联原先拟定的8月20日这个比赛日与奥运会有冲突，为了确保中国和其他三队能以最强阵容参赛，亚足联不会在8月20安排世界杯预选赛。

2008年奥运会之前打完第二阶段小组赛4轮，直至9月份再安排两轮。十强全部产生后，亚足联将在9月11日或12日，也就是小组赛刚结束就进行十强赛的分组抽签。各队有大约一个月的准备时间，然后在2008年10月15日展开十强赛。

本次亚洲区预选赛总共43队报名参赛，德国世界杯五个参赛队澳大利亚、韩国、伊朗、日本沙特直接进入第3轮比赛。

具体分为三大阶段：

第一阶段：资格赛

第1轮：按照德国世界杯成绩排序，第25位至第43位的19支球队为一组，排名第24位至第6位的19支队伍为另一个组，通过抽签、捉对进行主客场淘汰赛。通过这一轮的19支球队中，排名最低的8支队伍进入第2轮，其他11支队伍直接进入第3轮。

由于中国队排名第10位，将参加这一轮的比赛。不过对手为排名第25位至43位球队，只有越南、新加坡、马来西亚等为少数球队稍具实力，闯过这一关应该问题不大。

第2轮：通过第1轮的8支队伍通过抽签配对，采用主客场制方式进行淘汰赛，获胜的4支队伍进入第二阶段。

第二阶段：小组赛

第3轮：从第1轮中产生的11支队伍，从第2轮中产生的4支队伍，再加上排名最高的5支队伍，这20支队伍将参加今年11月23日在南非德班进行的世界杯预选赛分组抽签仪式。它们将被分为5个小组，每组4队，每个小组前两名出线。

第三阶段：十强赛

第4轮：10支队伍将分成两个小组，每组5队。每个小组的前两名直接获得南非世界杯参赛权，两个第三名进行主客场制附加赛，胜出一方再与大洋洲冠军队进行主客场制附加赛，争夺最后一张世界杯入场券。